1．選用質(zhì)量合格的微生物肥料。質(zhì)量低下、有效活菌數(shù)達(dá)不到規(guī)定指標(biāo)、雜菌含量高或已過(guò)有效期的產(chǎn)品不能施用。 
2．施用時(shí)盡量減少肥料中微生物的死亡。應(yīng)避免陽(yáng)光直射菌肥，拌種時(shí)應(yīng)在陰涼處操作，拌種后要及時(shí)播種，并立即覆土。一般菌肥不可與有害農(nóng)藥、化肥混合施用。 
3．創(chuàng)造適宜的土壤環(huán)境。在酸性土壤上施用應(yīng)中和土壤酸度后再施。土壤過(guò)分干燥時(shí)，應(yīng)及時(shí)灌澆。大雨過(guò)后要及時(shí)排除田間積水，提高土壤的通透性。 
4．因地制宜推廣應(yīng)用不同的微生物菌肥料。如根瘤菌肥料應(yīng)在豆科作物上廣泛施用，解磷、解鉀類(lèi)微生物肥料應(yīng)施用于養(yǎng)分潛力較高的土壤。 
5．避免開(kāi)袋后長(zhǎng)期不用，要注意密封儲(chǔ)存以免菌種流失。開(kāi)袋后長(zhǎng)期不用，其他細(xì)菌就可能侵入袋內(nèi)，使肥料中的微生物菌群發(fā)生改變，影響其使用效果。 
6．避免在高溫干旱條件下使用。微生物肥料中的微生物在高溫干旱條件下，生存和繁殖就會(huì)受到影響，不能發(fā)揮良好的作用。因此，應(yīng)選擇陰天或晴天的傍晚施用，并結(jié)合蓋土、蓋糞、澆水等措施，避免微生物肥料受陽(yáng)光直射或因水分不足而難以發(fā)揮作用。 
7．避免與未腐熟的農(nóng)家肥混用。與未腐熟的有機(jī)肥混用，會(huì)因高溫殺死微生物，影響微生物肥料的發(fā)揮。